主要与以下疾病鉴别：

　　 一、原发痛经

　　 早期的子宫内膜异位症易与原发痛经混淆，一般原发痛经的症状多发生于行经出血前，出血后数小时达高峰，一两天内消失，而子宫内膜异位症的疼痛常于经前开始，持续整个经期，甚至延至经后数日方消失。前者为下腹正中的疼痛，而异位症为钝性胀痛及坠痛，可在正中，也可偏于一侧，且常向直肠、会阴和腰背部放射。盆腔检查如发现小的触痛结节，则更有利于子宫内膜异位症的诊断。如临床无典型体征，可先按功能性痛经处理．必要时作腹腔镜检查。

　　 二、子宫腺肌病

　　 此病周期性痛经明显，经血量多持续时间长。检查特点：子宫不规则增大、质较硬，B超有助于诊断。子宫腺肌病可与盆腔子宫内膜异位症并存。

　　 三、卵巢肿瘤

　　 良陛卵巢囊肿检查一般比较活动，不伴痛经，宫旁无增厚，而卵巢巧克力囊肿多因粘连而活动受限，常有宫旁增厚，宫骶韧带或子宫后方可触及痛性结节。卵巢癌可发现附件区有粘连性囊肿，并有子宫直肠窝的种植结节，但一般无痛经，结节触痛不明显，病情发展快，年龄偏大，一般情况差，可伴有腹水。B超及血清CAl25(>100U／m1)检查有助于诊断，高度可疑者应尽早行腹腔镜检查确诊。

　　 四、慢性盆腔炎

　　 慢性盆腔炎可有反复炎症发作史。结核性盆腔炎常伴有其他部位结核史，或有经量减少、色暗或淡，伴腰酸。子宫内膜病理显示炎性组织，但内膜结核病变较为少见，除非已属晚期。子宫内膜异位症常有痛经或痛性结节。子宫碘油造影显示输卵管通畅而无病变，以子宫内膜异位症可能性大，结核常显示输卵管的典型病变，如输卵管僵直、串珠样或有瘘管。异位症与结核于黄体期基础体温可显示有低热，需用其他方法鉴别，如结核菌素皮内试验。不育患者症状明显，而诊断困难者，应作腹腔镜检查确诊。

　　五、急腹症

　　 当卵巢巧克力囊肿破裂而出现急性下腹痛时，需与常见急腹症鉴别。前者有子宫内膜异位症病史，盆腔检查