一般正常情况下，男性在新生儿时期阴茎多在lcm以上，要是小于lcm以下为阴茎短小;青春期短于5cm，横径亦小也属阴茎短小的类型;在成年后男性阴茎的正常值为7-10cm，小于7cm也为阴茎短小。阴茎短小只是阴茎的“个子”不高，但是它的外观大致是正常的，尿道正常并开口于阴茎头部。

　　对严重的出现排尿困难的患儿，应尽早施行尿道整形术以解决排尿。内分泌治疗是小阴茎的主要疗法，因为小阴茎的主要病因是雄性激素缺乏。所以合理地使用雄性激素可以得到较好的效果，而且年龄愈小治疗效果愈好。药物剂量应根据其年龄对药物的敏感程度而不同。治疗过程中可测定血浆和尿中睾丸酮含量以调整药量。用药期间阴茎可有明显增长，但停药后仍可缩小，然而长期大量使用雄激素可使患儿性早熟和骨骺早期愈合。

　　因此，合理而适时的使用药物及按时随访观察是非常重要的。部分病人用绒毛膜促性腺激素也有疗效。手术治疗适用于已确定男性的患儿，采用阴茎延长整形术，其目的是使阴茎获得最大的长度。如果阴茎发育极度不良则可早期改变性别为女性。若本人及家属要求定为男性者亦可行阴茎再造术，但手术效果常不满意。